合理的設計與專業的施工，是做好層流手術室建設的重要前提。層流手術室建設從工程開始就需要有潔凈技術方面的專家參與，專家既熟悉最新的醫療凈化發展方向，又有豐富且專業的經驗，可使得層流手術室建設項目，在規劃和設計時就能做到高起點、少走彎路，不留遺憾。

　　要做好層流手術室建設，就需要在方案設計論證時能保證功能合理，有足夠的層高，層面設備部位承重等合理設計。在土建施工時應該預留洞口、預埋工作、防水層施工等工作。總包單位安裝施工時應進行總體的科學規劃，統籌安排各專業承包單位、其他配合單位。

　　合理設計是實現層流手術室建筑節能的主要途徑。設計方的設計圖紙深度要具備施工要求。醫院層流手術室設計首先是工藝設計，醫院建筑與普通民用建筑，存在的最大區別就是醫院功能復雜、流線復雜。層流手術室設計首先是工藝設計，然后才是建筑設計。符合潔凈規范要求的、布局合理的平面布局確定后，再進行潔凈空調、裝飾裝修、醫用氣體、電氣、給排水等專業設計，滿足功能需求，安全、方便，是一名設計師必須考慮的問題。

　　潔凈手術部功能布局是基礎，潔凈手術部由層流手術室和為手術室服務的輔助功能用房組成。潔凈手術部應自成一區，并宜與其密切相關的外科護理單元臨近，應嚴格分為潔凈區與非潔凈區，潔凈區與非潔凈區之間必須設置緩沖室或傳遞窗。潔凈區內宜按對空氣潔凈度級別的不同要求分區，不同區之間宜設置分區隔斷門。

　　潔凈區：各種等級的層流手術室、手術準備室、刷手間、無菌敷料和器械存放室、一次性物品和精密儀器室、恢復室、患者換車處、潔凈走廊等。

　　非潔凈區：醫生、護士值班室，示教室，敷料打包、高壓消毒室，器械潔凈清洗室，石膏室，冰凍切片室，換鞋、更衣、浴、風淋室。凈化空調機組、手術特殊醫用氣體中心站和配電，一般應單獨集中在一層(設備層)。

　　層流手術室建設不宜邊設計邊施工。現在許多醫療大樓由非醫療建筑專業設計院設計，對醫療凈化專業了解較少，將凈化部分甩給施工單位進行“二次深化設計”，有的項目在設計、論證時趕工期，造成許多遺憾。總之，層流手術室建設前期考慮得越細致，后期使用過程中的遺憾就越少。